...
for my $i (0..$#$ref_a) {
    push @{$ref_a->[$i]}, @{ ref($ref_b->[$i]) eq 'ARRAY' ?
                             $ref_b->[$i] : [(' ') x 3]   };
    
}
print Dumper($ref_a);
__END__
$VAR1 = [
          [
            'a',
            'b',
            'c',
            'j',
            'k',
            'l'
          ],
          [
            'd',
            'e',
            'f',
            'm',
            'n',
            'o'
          ],
          [
            'g',
            'h',
            'i',
            'p',
            'q',
            'r'
          ],
          [
            'x',
            'y',
            'z',
            ' ',
            ' ',
            ' '
          ],
          [
            '3',
            '4',
            '5',
            ' ',
            ' ',
            ' '
          ],
          [
            '6',
            '7',
            '9',
            ' ',
            ' ',
            ' '
          ]
        ];