$normal_fh->printflush(join("\t",@arrayToPrint)."\n");
####
open my( $normal_fh ), ">>", $normalOut or die("Couldn't open NORMAL $normalOut $!\n");
my @arrayToPrint;
if ($nbGABlocks == 0) {
@arrayToPrint = ();
#print ("NoAlignmentBlocks!\n");
my @subArray = ($chrInterval,$startInterval,$endInterval,"NA","NA","NA");
my @naArray = ("NA","NA","NA","NA","NA","NA","NA") x scalar(@species);
push(@arrayToPrint,@subArray);
push(@arrayToPrint,@naArray);
}
NORMALBLOCK: foreach my $block (sort{$blocksHash{$a}{"orderBlock"} <=> $blocksHash{$b}{"orderBlock"}} keys %blocksHash) {
my $spNb = 0;
my $order = $blocksHash{$block}{"orderBlock"};
@arrayToPrint = ();
my @subArray = ($chrInterval,$startInterval,$endInterval,$block,$order,$warning);
push(@arrayToPrint,@subArray);
@subArray = ();
SP: foreach my $sp (@species) {
my $newSp = $speciesCorrespond{$sp};
$spNb++;
if (exists($blocksHash{$block}{$newSp})) {
my $chr = $blocksHash{$block}{$newSp}{"chr"};
my $start = $blocksHash{$block}{$newSp}{"start"};
my $end = $blocksHash{$block}{$newSp}{"end"};
my $strand = $blocksHash{$block}{$newSp}{"strand"};
my $size = $blocksHash{$block}{$newSp}{"sizeBlock"};
my $comment = $spBlocksHash{$newSp}{$block}{"comment"};
@subArray = ($newSp,$chr,$start,$end,$strand,$size,$comment);
push(@arrayToPrint,@subArray);
@subArray = ();
} else {
@subArray = ($newSp,"NA","NA","NA","NA","NA","NA");
push(@arrayToPrint,@subArray);
@subArray = ();
}
}
my $printing = join("\t",@arrayToPrint);
$" = "\t";
$normal_fh->printflush("$printing\n");
}
##
##
rattus_norvegicus NA NA NA NA NA NA dipodomys_ordii NA NA NA NA NA NA spermophilus_tridecemlineatus NA NA NA NA NA NA ochotona_princeps NA NA NA NA NA NA oryctolagus_cuniculus NA NA NA NA NA NA
rattus_norvegicus 5 13171176 13038994 -1 132183 NotContiguous_326154Gap dipodomys_ordii NA NA NA NA NA NA spermophilus_tridecemlineatus NA NA NA NA NA NA ochotona_princeps NA NA NA NA NA NA oryctolagus_cuniculus NA NA NA NA NA NA
rattus_norvegicus NA NA NA NA NA NA dipodomys_ordii NA NA NA NA NA NA spermophilus_tridecemlineatuNA NA NA NA NA NA ochotona_princeps NA NA NA NA NA NA oryctolagus_cuniculus NA NA NA NA NA NA
rattus_norvegicus NA NA NA NA NA NA dipodomys_ordii NA NA NA NA NA NA spermophilus_tridecemlineatuNA NA NA NA NA NA ochotona_princeps NA NA NA NA NA NA oryctolagus_cuniculus NA NA NA NA NA NA
rattus_norvegicus 5 13004812 12917777 -1 87036 NotContiguous_253399Gap dipodomys_ordii NA NA NA NA NA NA spermophilus_tridecemlineatus NA NA NA NA NA NA ochotona_princeps NA NA NA NA NA NA oryctolagus_cuniculuNA NA NA NA NA NA
rattus_norvegicus 5 12917776 12899724 -1 18053 Contiguous dipodomys_ordii NA NA NA NA NA NA spermophilus_tridecemlineatus NA NA NA NA NA NA ochotona_princeps NA NA NA NA NA NA oryctolagus_cuniculus NA NA NA NA NA NA