$ echo "1.fa

>1
AGTCGTAGCAT
>2
TGAGCTACG
>3
GGCATAGN
>4
CGCACNCAGCTACACC
>5
NGATAGCTACA
" | perl -pe'$_ .= "\t" if s/^>\S+\K\s+$//'
1.fa

>1      AGTCGTAGCAT
>2      TGAGCTACG
>3      GGCATAGN
>4      CGCACNCAGCTACACC
>5      NGATAGCTACA