use strict;
use warnings;

my $strA = 'ATGNCNC';
my $strB = 'ATGACNN';
my $strC = 'TTGACNN';

print $strA, (match ($strA, $strB) ? ' eq' : ' ne'), " $strB\n";
print $strA, (match ($strA, $strC) ? ' eq' : ' ne'), " $strC\n";


sub match {
    my ($mask1, $mask2) = @_;
    my ($str1, $str2) = @_;
    
    $mask1 =~ tr/NATGC/0\xFF/;
    $mask2 =~ tr/NATGC/0\xFF/;
    $mask1 &= $mask2;
    $str1 ^= $str2;
    $str1 &= $mask1;
    
    return $str1 !~ /[^\x00]/;
}