## 0-miss (exact) match. 1 unique ACGT ## 1-miss match: 4*4 = 16 - 4 duplicates of above = 12 unique ## With tags (°=exact; š=1-miss match; ˛=2-miss match) showing where ## a key resulted from multiple sources. v v v v ## The vs indicate the columns varying. ----------------------------- ACGT°˛ AAGT˛ ACAT˛ ACGA˛ CCGT˛ ACGT°˛ ACCT˛ ACGC˛ GCGT˛ AGGT˛ ACGT°˛ ACGG˛ TCGT˛ ATGT˛ ACTT˛ ACGT°˛ ## 2-miss match: 6*4*4 = 96 - ## ( 6 duplicates of 0-miss + ( 3 each duplicates * 12 1-miss ) ) ## With tags (°=exact; š=1-miss match; ˛=2-miss match) showing where ## a key resulted from multiple sources. ## = 54 unique. vv v v v v vv v v vv -------------------------------------------- AAGTš ACATš ACGAš AAAT AAGA ACAA CAGT CCAT CCGA ACATš˛ ACGAš˛ ACCA GAGT GCAT GCGA AGAT AGGA ACGAš˛ TAGT TCAT TCGA ATAT ATGA ACTA ACGT° ACCTš ACGCš AACT AAGC ACAC CCGTš CCCT CCGC ACCTš˛ ACGCš˛ ACCC GCGTš GCCT GCGC AGCT AGGC ACGCš˛ TCGTš TCCT TCGC ATCT ATGC ACTC AGGTš ACGT°˛ ACGGš AAGTš˛ AAGG ACAG CGGT CCGTš˛ CCGG ACGT°˛ ACGGš˛ ACCG GGGT GCGTš˛ GCGG AGGTš˛ AGGG ACGGš˛ TGGT TCGTš˛ TCGG ATGTš ATGG ACTG ATGTš˛ ACTTš ACGT°˛ AATT AAGTš˛ ACATš˛ CTGT CCTT CCGTš˛ ACTTš˛ ACGT°˛ ACCTš˛ GTGT GCTT GCGTš˛ AGTT AGGTš˛ ACGT°˛ TTGT TCTT TCGTš˛ ATTT ATGTš˛ ACTTš˛ ## Giving us our 67 unique keys. #### ## 2-miss match generation with duplicates removed ## With tags (°=exact, š=1-miss match) showing where ## a key resulted from multiple sources. vv v v v v vv v v vv AAGTš ACATš ACGAš AAAT AAGA ACAA CAGT CCAT CCGA ACCA GAGT GCAT GCGA AGAT AGGA TAGT TCAT TCGA ATAT ATGA ACTA ACGT° ACCTš ACGCš AACT AAGC ACAC CCGTš CCCT CCGC ACCC GCGTš GCCT GCGC AGCT AGGC TCGTš TCCT TCGC ATCT ATGC ACTC AGGTš ACGGš AAGG ACAG CGGT CCGG ACCG GGGT GCGG AGGG TGGT TCGG ATGTš ATGG ACTG ACTTš AATT CTGT CCTT GTGT GCTT AGTT TTGT TCTT ATTT