my $output_pipe = "|sort -n -t, -k3,4 | uniq > $tmpfile"; open(OUTFILE,$output_pipe) || die "could not open file $output_pipe for output: $!"; #### my $output_pipe = "|sort -n -t, -k3,4 -u > $tmpfile"; #### $ cat test.dat 1,1 1,2 1,3 2,1 2,4 2,2 2,1 1,1 #### $ sort -n -t, -k1,2 test.dat | uniq 1,1 1,2 1,3 2,1 2,2 2,4 That's good. #### $ sort -n -t, -k1,2 -u test.dat 1,1 2,1 Not what I expected.