#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; while (my $line =) { $line =~ s/^\s*|\s*$//g; if ($line =~ /^\d/) { print "$line\t"; } else { print "$line\n"; } } =Prints 1 AGTCGTAGCAT 2 TGAGCTACG 3 GGCATAGN 4 CGCACNCAGCTACACC 5 NGATAGCTACA =cut __DATA__ 1 AGTCGTAGCAT 2 TGAGCTACG 3 GGCATAGN 4 CGCACNCAGCTACACC 5 NGATAGCTACA