$ perl -le '
> $seq   = q{AAAATGGGGTAAGTGAACGGGTAA};
> $start = q{ATG};
> $stop  = q{GTG};
> ( $prot1, $prot2 ) =
>    $seq =~ m{(${start}[ACGT]*?)(${stop}[ACGT]*)};
> print qq{$prot1\n$prot2\n};'
ATGGGGTAA
GTGAACGGGTAA
$