## 0-miss (exact) match. 1 unique ACGT ## 1-miss match: 4*4 = 16 - 4 duplicates of above = 12 unique ## With tags (°=exact; š=1-miss match; ˛=2-miss match) showing where ## a key resulted from multiple sources. v v v v ## The vs indicate the columns varying. ----------------------------- ACGT°˛ AAGT˛ ACAT˛ ACGA˛ CCGT˛ ACGT°˛ ACCT˛ ACGC˛ GCGT˛ AGGT˛ ACGT°˛ ACGG˛ TCGT˛ ATGT˛ ACTT˛ ACGT°˛ ## 2-miss match: 6*4*4 = 96 - ## ( 6 duplicates of 0-miss + ( 3 each duplicates * 12 1-miss ) ) ## With tags (°=exact; š=1-miss match; ˛=2-miss match) showing where ## a key resulted from multiple sources. ## = 54 unique. vv v v v v vv v v vv -------------------------------------------- AAGTš ACATš ACGAš AAAT AAGA ACAA CAGT CCAT CCGA ACATš˛ ACGAš˛ ACCA GAGT GCAT GCGA AGAT AGGA ACGAš˛ TAGT TCAT TCGA ATAT ATGA ACTA ACGT° ACCTš ACGCš AACT AAGC ACAC CCGTš CCCT CCGC ACCTš˛ ACGCš˛ ACCC GCGTš GCCT GCGC AGCT AGGC ACGCš˛ TCGTš TCCT TCGC ATCT ATGC ACTC AGGTš ACGT°˛ ACGGš AAGTš˛ AAGG ACAG CGGT CCGTš˛ CCGG ACGT°˛ ACGGš˛ ACCG GGGT GCGTš˛ GCGG AGGTš˛ AGGG ACGGš˛ TGGT TCGTš˛ TCGG ATGTš ATGG ACTG ATGTš˛ ACTTš ACGT°˛ AATT AAGTš˛ ACATš˛ CTGT CCTT CCGTš˛ ACTTš˛ ACGT°˛ ACCTš˛ GTGT GCTT GCGTš˛ AGTT AGGTš˛ ACGT°˛ TTGT TCTT TCGTš˛ ATTT ATGTš˛ ACTTš˛ ## Giving us our 67 unique keys.