c:\@Work\Perl\monks\yueli711>type 1.fa >1 AGTCGTAGCAT >2 TGAGCTACG >3 GGCATAGN >4 CGCACNCAGCTACACC >5 NGATAGCTACA c:\@Work\Perl\monks\yueli711>perl -pe "s{ ^ > \d+ \K \n }{\t}xms" 1.fa > 1.txt c:\@Work\Perl\monks\yueli711>type 1.txt >1 AGTCGTAGCAT >2 TGAGCTACG >3 GGCATAGN >4 CGCACNCAGCTACACC >5 NGATAGCTACA