$s = 'GGTACACAGAAGCCAAAGCAGGCTCCAGGCTCTGAGCTGTCAGCACAGAGACCGAT';; $m = 'GGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT';; ( $mm = $m ) =~ tr[N][\x20];; print $mm;; GGT T print $s | $mm;; GGTacacagaagccaaagcaggctccaggctctgagctgtcagcacagagaccgaT